L'espace laboratoire « Microbiologie »

L’ensemble des laboratoires permet l’étude de différents micro-organismes d’origine alimentaire ou environnementale : bactéries (classe L1 et L2), levures, champignons filamenteux et bactériophages.

Les équipements et locaux permettent d’étudier la physiologie et le métabolisme de ces micro-organismes, à l’échelle de l’individu ou en communautés, mais également de chercher à comprendre les interactions existantes entre plusieurs micro-organismes, dans un milieu de culture ou dans une matrice alimentaire, par différentes méthodes :

Méthodes culturales :

• Suivi de la croissance de micro-organisme en temps réel (lecteur de micro-plaques, mini-bioréacteurs)
• Observation des micro-organismes à différentes échelles : microscopique (microscope optique) et macroscopique (loupe binoculaire et macroscope)
• Etude des propriétés de surface de bactéries et de levures (zétaphoremètre)
• Fermentation en mini-bioréacteurs de 500 ml (scale-up possible en lien avec la zone Microbiologie de la Halle)

Méthodes moléculaires :

• Extraction et purification d’acides nucléiques (ADN et ARN)
• Quantification et vérification de la qualité des acides nucléiques extraits (système d’électrophorèse automatisé, fluorimètre)
• Amplification des ADNs par PCR en point final et en temps réel (thermocycleur en point final, système de PCR en temps réel)
• Séquençage d’acides nucléiques (séquençeur ONT MinION)

Les méthodes moléculaires mises en œuvre au sein de l’espace laboratoire Microbiologie permettent de caractériser une souche ou espèce microbienne d’un point de vue génomique (quels gènes possède-t-elle ?), transcriptomique (quelles sont les fonctions exprimées par le micro-organisme) et protéomique (quantification des protéines produites).

Quelques équipements vont également permettre l’étude d’une matrice/échantillon alimentaire :

•  Homogénéisation d’un échantillon avant extraction des micro-organismes (homogénéiseur)
•  Mesure du taux d’acide dans une matrice/échantillon alimentaire (titreur d’acidité)
•  Mesure du pH (pH-mètre)
•  Mesure du taux de sel (chlorure-mètre)